Per quanto riguarda i fondi europei a gestione indiretta, o strutturali, essi riguardano la politica regionale dell'UE, ovvero tutte quelle azioni attraverso le quali l'UE promuove la coesione e cerca di ridurre il divario economico e sociale tra le regioni europee.

In questo caso si crea un rapporto diretto tra le istituzioni regionali e nazionali e i beneficiari. Ciò significa che le risorse finanziarie del bilancio dell'UE vengono trasferite dalla CE agli Stati membri, così come tutte le procedure di assegnazione e di verifica ex post. La gestione dei fondi strutturali è, quindi, condivisa nel senso che le linee guida per le azioni dei fondi vengono stilate a livello europeo, mentre la loro attuazione viene gestita dalle pertinenti autorità nazionali o regionali in ciascuno stato membro, le quali definiscono i Programmi Operativi e in seguito selezionano e monitorano i progetti.