L'Università fa parte di molte reti internazionali:

UNIADRION è un'associazione di volontariato, transnazionale e senza fini di lucro di Università e Centri di Ricerca. L'associazione è stata costituita (2000, Conferenza di Ravenna) con lo scopo di creare un collegamento permanente tra Università e Centri di Ricerca e Sviluppo di eccellenza del bacino adriatico e ionico, rafforzando così la cooperazione interuniversitaria e la strategia della Macroregione Adriatico-Ionica.  La cooperazione è multidisciplinare e copre le seguenti aree: tutela, catalogazione e promozione del patrimonio culturale, ambiente e sviluppo sostenibile, turismo culturale, sviluppo dell'economia, della comunicazione, dei porti e delle relazioni commerciali. Il referente dell'Ateneo è il prof. Roberto Louvin.

Da oltre 20 anni l'Università di Trieste è membro della Conferenza dei Rettori d'Europa - CRE, associazione europea che si è evoluta in una nuova associazione denominata European University Association, nata dalla fusione della CRE e dell'AEU (Association of Università europee). Le principali attività dell'EUA riguardano il coordinamento delle politiche universitarie europee e la promozione di incontri tra le università di tutta Europa. Il referente dell'Ateneo è il Prof. Alberto Pallavicini.

L'AARC è costituita per promuovere il dialogo tra gli istituti di istruzione superiore delle regioni Alpe Adriatica nei settori dell'istruzione, della ricerca scientifica e della didattica. L'AARC è impegnata a sostenere la collaborazione di insegnanti e studenti in diversi campi accademici. La rete collabora con le istituzioni necessarie dell'Unione Europea nella ricerca scientifica e nei diversi cicli di formazione dell'istruzione superiore, compreso l'apprendimento permanente. Il referente dell'Ateneo è il prof. Valter Sergo.

Nel 2018 l'Ateneo entra a far parte del Network Euro-Mediterranean -EMUNI. Dalla sua fondazione nel 2008, l'Università Euromediterranea, uno dei progetti prioritari dell'Unione per il Mediterraneo, è diventata un'istituzione internazionale, che raccoglie conoscenze ed esperienze specialistiche dei paesi euromediterranei e contribuisce così in modo significativo alla creazione di un'area euromediterranea dell'istruzione superiore e della ricerca unificata e integrata. L'Università Euromediterranea svolge in larga misura la sua attività nella sua sede di Pirano. La missione fondamentale di EMUNI è di contribuire con le sue attività al rafforzamento del dialogo interculturale e agli obiettivi prioritari del processo di Barcellona. Il referente dell'Ateneo è il prof. Alberto Pallavicini.

La Conferenza dei Rettori del Danubio (DRC) è una solida rete di quasi 70 università nella regione del Danubio, che scorre dalla Foresta Nera al Mar Nero. Il nostro obiettivo è migliorare l'istruzione superiore nell'insegnamento e nella ricerca e il progresso delle nostre università membri stabilendo contatti sostenibili. Il referente dell'Ateneo è il prof. Valter Sergo.

Nel 2017 l'Università degli Studi di Trieste è entrata a far parte del network Scholars at Risk – SAR. Scholars at Risk è una rete internazionale di istituzioni e individui, la cui missione è proteggere gli studiosi e promuovere la libertà accademica. Organizzando posizioni accademiche temporanee presso le università e i college membri, SAR offre sicurezza agli studiosi a rischio, con l'obiettivo di proteggere le idee degli studiosi e di permettere loro di lavorare fino a quando saranno in grado di tornare nei loro paesi d'origine. Scholars at Risk fornisce anche campagne e consulenza per studiosi e ospiti che sono imprigionati o messi a tacere nei loro paesi d'origine, implementando nuovi strumenti e strategie per promuovere la libertà accademica e migliorare il rispetto dei valori universitari ovunque. Le referenti dell'Ateneo sono la prof.ssa Roberta Altin e la dott.ssa Carla Savastano.

Dall'ottobre 1988, l'Università è membro della Rete delle Università Europee di SGroup, essendo una delle università co-fondatrici di questa rete europea. L'Università di Trieste è molto attiva all'interno della rete, in particolare attraverso la partecipazione dei suoi docenti e funzionari agli incontri annuali, conferenze e reti. Il referente dell'Ateneo è il Prof. Emanuele Brambilla.